Während des Zweiten Weltkrieges blieb die neutrale Schweiz eine Ausnahme in Europa: Im Gegensatz zu anderen neutralen Ländern wie Belgien und Norwegen wurde die Schweiz nicht von der deutschen Wehrmacht angegriffen. Tatsächlich ließ die deutsche Heeresleitung zusammen mit dem italienischen Militär im Juni 1940 unter dem Decknamen »Operation Tannenbaum« einen Angriffsplan gegen die Schweiz erarbeiten, der aber nie ausgeführt wurde, weil der Krieg gegen Großbritannien und später die Sowjetunion für Berlin Priorität hatte. Somit blieb die Schweiz bis zum Kriegsende weitestgehend von Kriegshandlungen verschont, obwohl einige Städte wie Zürich und Basel durch unbeabsichtigte Bombenabwürfe beschädigt wurden. Dennoch spielte die Schweiz eine wichtige Rolle im Krieg, vor allem durch Handel und finanzielle Zusammenarbeit sowohl mit den Achsenmächten als auch mit den Alliierten. So wickelte das nationalsozialistische Deutschland zwischen 1939 und 1945 über 75 Prozent seiner Goldgeschäfte mit dem Ausland über die Schweiz ab und verkaufte Gold im Wert von rund einer Milliarde Schweizer Franken an die Schweizerische Nationalbank. Auf der anderen Seite kaufte die Schweiz zur selben Zeit Gold im Wert von fast 3 Milliarden Schweizer Franken von den Alliierten. Außerdem schloss die Schweiz parallele Abkommen mit den Achsenmächten und den Alliierten ab, um beiden Seiten Kredite zu gewähren. Diese aktive wirtschaftliche Verflechtung mit dem nationalsozialistischen Deutschland sorgte für zunehmende Kritik von den Alliierten, vor allem nach der militärischen Wende vom Winter 1942-1943. Die Schweiz diente auch als Aufnahmeort für Flüchtlinge während des Zweiten Weltkrieges. Insgesamt nahm die Schweiz 290.000 Schutzsuchende auf, darunter längerfristig 104.000 Soldaten und 60.000 Zivilisten. Von den aufgenommenen Soldaten wurde die Mehrheit in Lagern wie dem »Concentrationslager« Büren an der Aare und dem Internierungslager Girenbad interniert. Von den zivilen Flüchtlingen waren rund 28.000 Juden. Aufgrund der restriktiven Flüchtlingspolitik der Schweiz wurden Juden jedoch zunächst nicht als politische Flüchtlinge anerkannt, was zu zahlreichen Zurückweisungen führte. Außerdem wurden deutsche und österreichische Juden ab 1938 durch einen »J-Stempel« im Pass gekennzeichnet, was ihre Zurückweisung durch die schweizerischen Behörden vereinfachte. Auch Sinti und Roma waren von Einreiseverboten und Ausweisungen betroffen. Erst im Juli 1944 erteilten die schweizerischen Behörden die offizielle Weisung, alle an Leib und Leben gefährdeten Zivilisten aufzunehmen. Insgesamt wurden somit zwischen 1939 und 1945 über 20.000 Zivilisten an der schweizerischen Grenze zurückgewiesen, darunter rund 5.500 Juden und eine unbekannte Anzahl von Sinti und Roma. Gleichzeitig wurden fast 1.000 schweizerische Staatsbürger, die während des Zweiten Weltkrieges im Ausland gelebt hatten, in deutsche Konzentrationslager verschleppt. 200 kamen dabei ums Leben. In der unmittelbaren Nachkriegszeit wurde zunächst relativ wenig getan, um die Rolle, die die Schweiz im Zweiten Weltkrieg spielte, kritisch zu hinterfragen. Impulsgebend waren jedoch der Flüchtlingsbericht von Carl Ludwig (1957) und der Bericht über die Neutralität der Schweiz von Edgar Bonjour (1970) sowie kritische Werke von Schriftstellern wie Max Frisch und Stefan Keller. Erst ab den 1990er Jahren schritt die Aufarbeitung der schweizerischen Zeitgeschichte voran. Einen wichtigen Schritt machte dabei Ende 1995 der damalige Bundespräsident Kaspar Villiger, als er sich zum ersten Mal für das an jüdischen Verfolgten begangene Unrecht entschuldigte. Daraufhin beauftragte das Parlament im folgenden Jahr eine Unabhängige Expertenkommission (UEK) unter der Leitung des Historikers Jean-François Bergier, um die schweizerische Wirtschafts- und Flüchtlingspolitik während des Zweiten Weltkrieges eingehend zu untersuchen. Die UEK veröffentlichte im März 2002 ihren Schlussbericht, den sogenannten Bergier-Bericht. Obwohl der Bericht sowohl in der Öffentlichkeit als auch in der Historiografie kritisiert wurde, öffnete er die Tür für eine differenzierte Auseinandersetzung mit der schweizerischen Zeitgeschichte und schuf Distanz zum Mythos der Schweiz als Zufluchtsort für Verfolgte. Zur selben Zeit schlossen sich einige schweizerische Großbanken zusammen, um sogenannte nachrichtenlose Vermögen von Holocaust-Opfern zu untersuchen und zurückzuerstatten. Seit 2004 ist die Schweiz Mitglied der International Holocaust Remembrance Alliance (IHRA). Heute zählt man 54 lokale Holocaust-Denkmäler in der Schweiz sowie neu entstandene Initiativen wie die Gedenkstätte für Flüchtlinge zur Zeit des Zweiten Weltkrieges in Riehen und den Gedenkpfad von Thônex an der französischen Grenze. Außerdem ist die Eröffnung des ersten nationalen Denkmals für die Opfer des Nationalsozialismus in der Schweiz für 2027/28 vorgesehen. Das Denkmal soll aus einem zentralen Erinnerungsort in Bern und einem Vermittlungszentrum im Kanton St. Gallen bestehen.
